Eine Substitutionstherapie wird nur durchgeführt, wenn es sich bei der Drogenabhängigkeit um eine Opiatabhängigkeit handelt. Wenn nicht die Opiatabhängigkeit primär ist, sondern eine andere Substanzabhängigkeit vorliegt, wird nicht substituiert. Ebenso wird normalerweise bei Jugendlichen oder PatientInnen mit sehr kurzer Drogenkarriere keine Substitution durchgeführt. Zeigen PatientInnen keinerlei Motivation bzw. sind sie nicht bereit sich an Regeln zu halten, werden sie nicht in ein Substitutionsprogramm aufgenommen.